Pela interpretação de Alberto Ribeiro Lamego para a formação do território correspondente ao que é hoje o norte do Estado do Rio de Janeiro, há 60 milhões de anos o oceano Atlântico chegava aos pés da área montanhosa. Primeiro, formaram-se os tabuleiros com terras transportadas da zona serrana. Posteriormente, o rio Paraíba do Sul foi carregando sedimentos finos, também da serra, e aterrou uma imensa baía rasa. Seu primeiro delta tinha braços alongados como os do rio Mississipi. Daí, ele o classificar por este nome. Posteriormente, este delta deu lugar a um outro, com dois longos braços, que ele chamou do tipo Ródano. Por fim, o delta atual, classificado como do tipo Paraíba.
Os geólogos Martin, Suguiu, Flexor e Dominguez, numa nova interpretação, explicaram que, em vez de mar, a região correspondente ao norte fluminense era constituída por um imenso tabuleiro, que avançava no mar além da linha de costa atual, e pela restinga de Jurubatiba. Então, o nível do mar subiu até alcançar o ponto máximo em 5.100 anos antes do presente, invadindo as partes baixas do tabuleiro, secionando-o em dois e criando uma laguna delimitada por ilhas que restaram do antigo terreno. Assim, o mar entrava nesta laguna, mas seu ímpeto era atenuado pelo cordão de ilhas. Dentro desta laguna, o rio Paraíba foi avançando e a aterrando. Para completar, uma grande restinga arrematou a costa atual, bloqueou os pequenos rios que desciam do tabuleiro e barrou a foz do rio Guaxindiba, que conseguiu romper a barreira.
O grande delta do Paraíba, então, era constituído por sua foz e pela área da lagoa Feia, também formada por ele. Esta fluía por cinco braços, reunidos no rio Iguaçu, que desembocava no mar. Hoje, ele está reduzido à lagoa do Açu. Este rio recebia também água diretamente do Paraíba por uma seqüência de lagoas que foram drenadas pelo canal do Quitingute. Vários outros canais foram abertos para facilitar o fluxo d'água do Paraíba para a lagoa Feia. Entre esta e o mar, foi rasgado o grande canal da Flecha.
Quem olha para o Paraíba e para a lagoa Feia de forma rasa vê dois sistemas hídricos. A nova divisão do Estado do Rio de Janeiro em Regiões Hidrográficas juntou os dois sistemas num só conjunto: a RH 9. No entanto, está se entendendo que o rio Paraíba é federal (por banhar três Estados da Federação), enquanto que a lagoa Feia é estadual. Não há dúvida de que a rede de canais aberta pela Comissão de Saneamento da Baixada Fluminense e pelo Departamento Nacional de Obras e Saneamento é federal. No entanto, por um acordo entre União e Estado, a administração dela ficou com a Superintendência Estadual de Rios e Lagoas.
O entendimento é incorreto, pois a lagoa Feia está tão intimamente ligada ao rio Paraíba que deve ser também considerada federal. O rio Guaxindiba, por outro lado, está numa zona de sombra. Parece, pelo mapa das Regiões Hidrográficas, que ele ficaria com a RH 10, correspondente à federal bacia do rio Itabapoana. Não há dúvida de que ele é estadual, já que nascente, foz e todos os afluentes estão dentro do Estado do Rio de Janeiro. Sucede, porém, que, ao formar-se a restinga do Paraíba, dois cordões úmidos ligaram-no à foz do Guaxindiba: os brejos de Mundeuzinho (drenado pelo canal de Cacimbas) e do Campelo (parcialmente drenado pelos canais do Vigário e Engenheiro Antonio Resende).
A ligação do Paraíba com a lagoa Feia vem sendo percebida desde o século 19. Em 1819, José Carneiro da Silva escreveu: "Em suas margens [do Rio Paraíba do Sul] existem magníficas fazendas e devido à porosidade do terreno a influência de suas águas se estende muito e é natural que existam correntes e mesmo canais subterrâneos que comuniquem as águas do rio com as de lagoas e riachos distantes". Corroborando a percepção do escritor, Henrique Luiz de Niemeyer Bellegarde observou, em 1837, que, "...a pensar, com o sensato Autor da Memória Topográfica e Histórica de Campos, José Carneiro da Silva, que semelhante fenômeno é devido a grandes filtrações, e a ocultos canais, que absorvem, e derivam grande parte de suas águas; ao menos muitos fatos concorrem para fortificar esta opinião."
Quase um século depois, o engenheiro sanitarista Saturnino de Brito notou que "... é (...) natural que depois do rio sair da região montanhosa (em Itereré), uma parte de suas águas corra subterraneamente, alimentando o grande lençol aluviano da planície formada pelo próprio rio em colaboração com mananciais menores e com o oceano; este lençol desce para a bacia da lagoa Feia e para o mar [como suspeitavam Aires de Casal e o major Bellegarde]." (1929). Para encerrar, por hoje, a Engenharia Gallioli, contratada pelo DNOS para efetuar estudos, concluiu que "(...) ficou comprovada a sistemática correspondência entre as variações dos níveis do rio Paraíba e da lagoa Feia e, ainda, o fato, quase inexplicável, de que, durante os longos períodos de estiagem, a lagoa Feia, não se resseca, embora as contribuições dos cursos d'água acima citados [rios Ururaí e Macabu, principalmente], tomados em conjunto, fiquem então reduzidos a uma descarga insignificante, da ordem de 7 m3/s. Note-se que a lagoa perde por evaporação uma descarga média aproximada de 8 m3/s (...) pode-se admitir que existe uma comunicação subterrânea entre o rio Paraíba e a lagoa Feia."
